Le Yoga semble être une idée très ancienne. Dans le nord de l'Inde, des fouilles ont livré des tablette représentant des figures visiblement en position de méditation, et vieilles de 5000 ans. On pense donc que la pratique méditative en Inde date littéralement de la préhistoire. Bien plus tard, le Yoga en tant que tel apparaît complètement codifié entre -500 et 500. Le texte fondateur de la discipline les Yoga Sutras de Patanjali en expose très complètement les principes. Il s'agit vraisemblablement d'un travail de synthèse en profondeur et de mise par écrit d'une tradition déjà ancienne. A cette époque, le Yoga se présente comme une ascèse méditative très proche des techniques développées dans le Bouddhisme et le Jaïnisme qui lui sont plus ou moins contemporains.
Intégré, au cours du 1er siècle, au sein de de qu'on appellera plus tard l'hindouisme, le Yoga devient l'une des voies philosophique et spirituelle de réalisation personnelle dans le grand courant religieux du sous-continent. Le célèbre texte nommé Bhagavad Gita, qui est l'un des éléments fondateurs de l'Hindouisme, présente un synthèse entre les idéaux de quête spirituelle du Yoga et les autres courants philosophiques de l'Inde brahmanique de l'époque : chaque chapitre de la Gita se présente comme un type de Yoga.
C'est vers le XVème siècle que le Yoga connaîtra une nouvelle mutation importante par sa rencontre avec ce que les européens ont nommé le Tantrisme. En simplifiant fortement, on peut considérer que ce mouvement spirituel a donné au Yoga ses formes actuelles en le rendant accessible au plus grand nombre. C'est l'addition de la plupart des techniques d'Asanas (les postures) et de Pranayama (la respiration), ainsi que l'association à toute un série de symboliques tantrique (comme le système des Chakras par exemple) qui font que tout un chacun peut commencer à profiter, à son niveau, des recherches et des connaissances accumulées par les ascètes yogis au fil des siècles. Une série de traditions se sont construites à partir de l'époque tantrique.
Enfin, bien qu'ayant subit une forte baisse de popularité jusqu'au XIXème siècle, le Yoga va exploser au XXème siècle, en quittant son berceau de l'Inde pour se répandre à travers la planète. Essentiellement grâce au travail de quelques yogis indiens, ainsi que des premiers pratiquants occidentaux, le reste du monde va découvrir ces techniques qui semblent si bien répondre aux problèmes de mal-être tant répandus dans nos sociétés « modernes ».